La Iglesia:
Por lo que hace al entramado instuticional de la Iglesia, hay que recordar que diversas condiciones de índole político, lingüistico,histórico y pastoral han condicionado a lo largo de los siglos una conformación episcopal vasca, fragmentada, cambiante y compleja. Una de las instituciones eclesiástica más importantes para la formación del clero fue los seminarios. En 1.733 se fundó el correspondiente a la diócesis de Bayona en la localidad labortana de Larresoro. El objetivo era doble, de una parte combatir el jansenismo y de otra ofrecer una formación sistemática a los futuros sacerdotes vascos, que había estado abandonada hasta el siglo XVIII. El proceso de adecuación del estilo de vida de los eclesiásticos al modelo ideal que debían representar para dar ejemplo a sus feligreses fue largo y trabajoso. Las constituciones sinodales establecían un rígido comportamiento para aquellos que habían alcanzado el estamento eclesiástico: vestidos adecuados a su condición, que no jugasen, no bebiesen en público, no tuviesen barragana ni hijos propios viviendo con ellos, etc. Las repercusiones de la normas de Trento en Vasconia empezaron a notarse tras el sínodo de Pamplona de 1.590. A comienzos del Seiscientos era relativamente frecuente encontrar sacerdotes que no vestían ropas talares ni portaban teja, vivían amancebados, hacían tratos comrciales y salían embriagados de las tabernas. En una muestra de pleitos eclesiásticos correspondientes a la primera mitad del siglo XVII en el pueblo de Lazcano, se comprueba que más de la mitad de los sacerdotes que componían el cabildo parroquial tuvieron alguna o varias ocasiones problemas por estos motivos, pasando por el tribunal de Pamplona. La contumacia de algunos clérigos perseverando en su estilo de vida seglar se explica por la liviandaz de las penas que se les imponían. Por ejemplo, don Julián de Iztueta tuvo a lo largo de unos 25 años de ejercicio profesional al menos cinco pleitos y condenas por una variadísima suerte de delitos: "tratos ilícitos", jugador, especulador con grano, ordenado con capellanía fingida, amancebado e incluso acusado de haber dado muerte a un vecino en una pelea. Además se le examinó de nuevo de sus conocimientos de latín y de los rituales básicos, pues fue acusado de no saber decir misa. En la mayor parte de los casos salió con leves multas y reconvenciones.
La Inquisición mantuvo en este periodo la sede de su tribunal en Logroño, abarcando toda Vasconia peninsular, más Burgos, Cantábria, La Rioja y Soria. Su funcionamiento se vió condicionado por la falta de recursos para llevar adelante los procesos. Después de la gran conmoción de los procesos por brujería de 1.609 a 1.611 la labor del Santo Oficio tendió a reducirse, si bien estuvo siempre presente como una referencia fiscalizadora de las conciencias y de la expresión de las ideas. Durante el reinado de Carlos IV se produjo un rebrote, especialmente tras la Revolución al norte de los Pirineos. Fue suprimida en 1.820 y no volvió ya a ser repuesta tras la Restauración de 1.823.
La inflación de clérigos fue siemmpre notable y se acentuó según avanzaban lo tiempos. A finales del siglo XVIII en Navarra y Álava había un eclesiástico por cada 50 habitantes, suponiendo algo más del 5% de la población total, pero en Guipúzcoa alcanzaba a más del 7%. Sólo Vizcaya presentaba niveles de clérigos bastante moderados. Buena parte de los clérigos y monjas se dedicaban a la contemplación, muchos de los capellanes y beneficiados no desarrollaban tareas sacramentales y, para colmo, el clero se concentraba en los núcleos urbanos. Si bien es cierto que según avanzaba el siglo XVIII el clero secular iba accediendo a una formación más completa, en los ambientes ilustrados se fue planteando un debate muy de la época: la utilidad general del clero y muy especialmente la inutilidad de los eclesiásticos regulares. Frailes y monjas, según crecían las dificultades para mantener sus conventos, acentuaban la presión económica sobre los campesinos y mantenían contínuos pleitos con los cabildos en disputa de los derechos derivados de ciertos servicios religiosos, singularmente los funerales. La animadversión contra los regulares en ambientes urbanos, ilustrados y liberales fue creciendo en la medida en que éstos se fueron escorando hacia posicionamientos político-sociales, cada vez más retrógrados e integristas.